但新医改方案指出，将逐步取消公立医院的药品加成（即药品出售利润），收入结构由三元转变为二元，这对公立医院总收入产生巨大影响。目前，医院的工资经费渠道主要是经营收入，但在医疗服务价格受到政府政策和物价部门管制的情况下，医务人员必然会执着追求服务项目数量，难免会出现“大处方”、“贵处方”、“无指征用药”等不良现象。财政补助根据当地经济发展水平和医院实际需要确定，因此各公立医院获得的财政补助各不相同，但总体来说政府补助力度偏弱，在公立医院收入中的占比不及10%，远达不到医改政策所要求的比例，无法满足绩效工资的经费需求